自宅が浸水した場合、細菌やカビが繁殖しやすくなり、感染症にかかるおそれがあるため、清掃や消毒が重要となる。名古屋市薬剤師会では、水害時の消毒方法をホームページで紹介している。同会理事の瀧藤重道さんによると、浸水被害を受けた際、まずは家屋の清掃、そして乾燥させる必要があるという。泥や汚れがついたまま消毒しても効果が薄れてしまうので注意したい。
屋内の消毒には、塩化ベンザルコニウムがよいという。薬局やホームセンターなどで市販されている。汚水につかった床や壁面、家財道具などは、０．１％の濃度になるよう水で薄めた液に浸した布などでよく拭く。広範囲に噴霧器などで噴霧する場合は、ぬれる程度にまき、風通しをよくして乾燥させるとよい。
長時間浸水していた場合や、食器類などの消毒には次亜塩素酸ナトリウムがおすすめ。どのくらい薄めるかは、拭く場合やつけ置きする場合など、使い方によって異なるので、説明書をよく読む。「食品を取り扱う場所や、子どもが遊ぶ場所は特に念入りに消毒してください」（瀧藤さん）
作業をする際は、消毒液が皮膚や目にかからないように、長袖、長ズボン、眼鏡、マスク、ゴム手袋などを着用するとよい。皮膚についた場合は、水とせっけんでよく洗い流す。目に入った場合は、水で１５分以上洗い流した後、医師の診察を受けるとよいという。
また、消毒液は作り置きせず、使用する前に水で薄める。説明書にある希釈濃度を守り、他の消毒液や洗剤などと混合しないように気をつけたい。
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